История храма, как и история нашего многострадального Отечества. В 1828 году Попечительный совет заведений общественного призрения купил у наследников богатого негоцианта Кусова И.В. особняк у Тучково моста.
Архитектор Д. Кварди, истратив 80 тысяч рублей, переделал его внутри под больницу, открытую в следующем году. Своё название больница получила от церкви, которую зодчий устроил посредине здания, на втором этаже, в бывшем парадном зале. Она была освещена 14 октября 1829 года, в день рождения покойной Императрицы Марии Федоровны.
Иконы для одноярусного иконостаса работы Егора Степанова, которые украшали ионические пилястры искусственного мрамора, написали А.Е. Егоров, Лавров и Алексей Травин.
С 1874 при церкви существовало благотворительное общество для помощи неимущим больным.
С момента освящения храма его настоятелем более 50 лет был протоиерей Павел Грацианский. Последним священником с 1910 до самой революции служил отец Николай (Быстреевский), в 1935 высланный из города.
В 1922 году храм был закрыт и обращён в склад, иконостас вывезен в 1926 году в Музей религии. Ныне в помещениях бывшей церкви, находящихся под охраной как памятник архитектуры, располагается больница.
Указом от 15 января 2006 года Высокопреосвященнейший Митрополит Санкт - Петербургский и Ладожский Владимир благословил возродить храм. Настоятелем возрождающегося храма был назначен иерей Иаков Гуляко. Под храм было выделено здание бывшей котельной, где на пожертвования верующих и при финансовой поддержке Фонда Святого Дмитрия Солунского была воссоздана церковь Святой Равноапостольной Марии Магдалины.
20 апреля 2007 года храм освятил малым чином протоиерей Виктор (Московский). В настоящее время в клире храма два священника: иерей Даниил Василевский (настоятель) и иерей Евгений Николин.
Куда прийти за утешением родителям ребёнка, который на операционном столе? Куда прийти за поддержкой врачам и медицинским сестрам, каждый день работающим среди боли и слёз? В больничный храм могут зайти помолиться и мамы, и папы, и больные детки, и персонал больницы, и жильцы ближайших домов, и все желающие.
Священники храма Святой Равноапостольной Марии Магдалины совершают в храме богослужения по воскресным и праздничным дням, крестят, исповедуют и причащают больных в палатах, проводят беседы с медицинским персоналом, родственниками и детьми.

При детской больнице №2.
Санкт-Петербург,
В.О. 2-я линия д. 47